Nascida de um desmembramento da Paróquia de Santa Efigênia, a Igreja de Sant'Ana, teve seu Decreto de fundação assinado em 12 de julho de 1895 por Dom Joaquim Arcoverde de Albuquerque Cavalcante.

O Decreto foi lido na Paróquia de Santa Efigênia no dia 21 de julho. No Domingo, dia 26, foi comemorado o dia da Festa de Sant'Ana na Capela de Santa Cruz do Colégio das Irmãs de São José, no alto de Santana.Esta Capela serviu de Matriz provisória.
 

Aqui o Padre Cientista Roberto Landell de Moura foi pároco entre os anos de 1898 e 1900. Este é um local histórico pois aqui, ao lado desta capela, havia o antigo Colégio Irmãs de São José,hoje Colégio Santana, onde  foram feitas as primeiras experiências pelo Padre Roberto Landell de Moura - com êxito - da transmissão da palavra humana articulada através do espaço sem auxilio de fios,portanto irradiando um sinal eletromagnético utilizando seu transmissor de ondas e também o telefone sem fio, que utilizava a luz como onda portadora de áudio. O outro ponto onde ficaram os aparelhos foi na Avenida Paulista.

O território abrangido pela nova Paróquia era imenso, compreendendo toda a atual região norte da cidade, a partir do Rio Tietê até Guarulhos. Os primeiros párocos até ser assumida pelos missionários de Nossa Senhora da Salete foram, o cônego Antonio Augusto Lessa, os Padres Cândido Correa, Roberto Landell de Moura – (1898 – 1900), Brás Joaquim Mercadante e Paulo Palermo. Em 1904 os missionários saletinos assumiram a Paróquia, e os Padres foram Pe. Clemente Henrique Moussier, Pe. Peão Perroche, Pe. Fidelis Willi, Pe. Agostinho Poncet, Pe. Simão Baccelli, Pe. André Duguet, Pe. Francisco Amos Connor, Pe. Santo Granzotto, Pe. Clorário Caimi, Pe. Guido Gaiato, Pe. Afonso Nilton Gasparetto, Pe. Aldacir J. Camilo, Pe. Nadir Sergio Granzotto, Pe. Victor Santana Milagres Fernandes, Pe. Tommaso Leporale e atualmente Pe. João Luiz Miqueletti.

Em 1896 foi lançada a pedra fundamental do atual templo, mas somente em 1906 foi iniciada a construção pelo sétimo vigário, Pe. Clemente Moussier. Em 1914 as obras foram interrompidas por causa da crise econômica, fruto da Primeira Guerra Mundial. Foram retomadas seis anos depois pelo Pe. Fidelis Willi, o décimo vigário da Paróquia. Nos anos seguintes, sob o comando do Pe. André Duguet e o Pe. Francisco Amos Connor, foram construídas as torres e feito o acabamento interno e a modificação do altar-mor, desenvolveu também o serviço do Centro Social. O Pe. Francisco Amos Connor, falecidos em 27 de dezembro de 1974, esteve como vigário desta paróquia durante 20 anos, atuou como médico psquiátrico, dando apoio e orientação principalmente aos jovens. Como homenagem à sua memória o jornalista Dr. Ary Silva, do Jornal "A Gazeta da Zona Norte", então deputado, conseguiu que o prefeito aprovasse a indicação, dando a uma rua do Tremembé o seu nome, o que aconteceu também com outros padres da Matriz de Sant'Ana como Pe. Charton, Pe. Fidelis Willy, Pe. André Duguet, Pe. Clemente Moussier, Pe. Leão Peruche.

A história de Sant'Ana se confunde com a história do bairro, e de toda a Região Episcopal Santana. Sant'Ana é a patrona e protetora da cidade e Arquidiocese de São Paulo, conforme documento do Papa Pio VI, de 31 de maio de 1782, que está no Museu de Arte Sacra Convento da Luz, Av. Tiradentes, 676, do qual a Cúria Regional de Santana possui uma cópia do original, elegendo Sant'Ana como proterora e patrona da Cidade e da Diocese de São Paulo. Junto a cópia estão também duas transcrições, uma no original Latino e outra tradução em Português. Um detalhe importante é que poucos se recordam que foi o escultor Artur Pederzoli, falecido em 18 de março de 1961, aos 76 anos, quem esculpiu a imagem de Sant'Ana, do altar-mor, a imagem do Senhor dos Passos e a Via Sacra. Ele nasceu em Módena, Italia. Entre suas obras no exterior destaca-se a estátua de Jesus Crucificado, que está no Vaticano. Na Faculdade do Largo de S. Francisco está a estátua do Pensador. O escultor Artur Pederzoli tem muitas obras pelo Brasil e pela Europa.